Girl in a jacket

Título: O uso da bioinformática e de bancos de dados no Estudo da Variabilidade Genética Humana

Ministrante: Heloísa Andrade (UNESP)

Local: Lab Informática 2 - ht 11/10

Data e horário: 24 e 25 de setembro de 2018 das 08h às 11h30 – 7h/aula

Materiais que os alunos devem levar (se houver): Computador 

 

  • * Observação: Os estudantes inscritos receberão, futuramente, um e-mail com instruções para que alguns programas possam ser baixados.

 

Ementa:

Com o advento da genética molecular e consequentemente aumento no número de dados biológicos gerados, surgiu a necessidade do uso de ferramentas de bioinformática para solucionar, interpretar e analisar os dados. Com o objetivo de promover um contato inicial com a bioinformática e assim aprofundar alguns conceitos relacionados a genética, esse minicurso terá como abordagem: (i) a estrutura da molécula DNA: processos de transcrição, tradução, estrutura dos genes e genoma humano, e alterações mutacionais que dão origem à variabilidade genética; (ii) desenho de primers para genes polimórficos e similares; (iii) exploração de bancos de dados biológicos; (iv) tecnologias de sequenciamento; (v) explorar os principais formatos de arquivo relacionados ao sequenciamento de segunda geração; (vi) introdução ao ambiente Linux; (vii) avaliação da diversidade genética de alguns genes humanos.

 

Programa: 

Dia 1 - (24/09/18) 

08:00 – Apresentação do Curso 

08:20 – Breve abordagem teórica - estrutura da molécula DNA: processos de transcrição, tradução, estrutura dos genes e genoma humano, e alterações mutacionais que dão origem à variabilidade genética. 

9:00 – Visualização prática da estrutura de genes – prática CLC e IGV 

10:00 – Intervalo 15 min 

10:15 – Desenho de primers (teoria e prática) CLC, primer blast, oligoanalyzer e Oligo Explorer 

11:15 - Exploração de bancos de dados biológicos (1000 Genomes Project) 

12:00 - Fim

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  • Dia 2 - (25/09/18)
  • 08:00 – Porque usar o ambiente Linux (breve introdução teórica)
  • 08:30 - Introdução ao ambiente Linux (prática) – usando a shell
  • 09:15 – Tecnologias de sequenciamento de DNA (com foco no sequenciamento de segunda geração)
  • 10:00– Intervalo 15 min
  • 10:15 - Explorar os principais formatos de arquivo relacionados ao sequenciamento de segunda geração (fastaQ, fasta, SAM, BAM, VCF)
  • 10:50 – Tratamento de Sequências e avaliação do sequenciamento (FastQC, controle de qualidade e mapeamento)
  • 12:00 - Fim